A batalha por mais potência continuou nos anos 90, com os motores muitas vezes debitando muito mais do que os pneus de corrida da época podiam suportar. Apenas alguns pilotos conseguiam converter a potência adicional em maior velocidade.
Com efeito, as máquinas de GP acabaram por se tornar monstros com que pouquíssimos podiam lidar. Reconhecendo esse facto, a Honda procurou desenvolver uma moto que tivesse a potência necessária, mas também fosse muito mais complacente no seu comportamento.
Assim, em 1992, a Honda desenvolveu o motor “Big Bang”, com uma fase de ignição não convencional e nota de escape profunda e distinta. A estrela da Honda, Mick Doohan, mostrou um excelente ritmo com a nova NSR500 até que uma lesão terminou o seu desafio da temporada.
Esta última versão da moto foi uma maravilha tecnológica que deixou uma impressão duradoura no mundo das corridas. Doohan também foi impressionante, ganhando o título de 500cc com a Honda cinco vezes a partir de 1994.
De 1984, quando a NSR500 fez a sua estreia, até 2002, quando a versão final da série foi construída, a NSR500 gerou 11 títulos de pilotos e elevou os títulos de construtores da Honda para 14.
A temporada de 1997 foi o melhor ano para o modelo, com 15 vitórias, algumas delas a contribuir para uma série recorde de 22 vitórias consecutivas. A NSR500 entrou para a história como uma moto lendária dos anos 90.
A temporada de 2001 foi marcada por uma incrível ronda de abertura em Suzuka, onde Masao Azuma, Daijiro Kato e Valentino Rossi venceram as 125, 250 e 500cc respetivamente, permitindo à Honda alcançar a sua 500ª vitória no Campeonato do Mundo.
A NR500 foi a única máquina a quatro tempos a competir nas 500cc de Grande Prémio, no início dos anos 80; todas as outras tinham motores a dois tempos. Foi notável, no entanto, que a sociedade estava cada vez mais a pedir tecnologia de quatro tempos, mais limpa e silenciosa, para as motos de estrada.
Assim, a ligação entre as máquinas de estrada e corrida pareceu mais uma vez demasiado fraca aos olhos do GPMA (agora o MSMA, a associação de fabricantes), e houve preocupações sobre a viabilidade futura da categoria de 500cc.
O órgão, portanto, apresentou uma proposta à FIM para incentivar o desenvolvimento de motores a quatro tempos. Aceites de bom grado, as novas regras, em vigor desde 2002, definiam a classe como motores de dois tempos com uma capacidade máxima de 500cc, ou quatro tempos de 990cc.
Ao mesmo tempo, o nome do Campeonato foi alterado para MotoGP, a mais profunda alteração no motociclismo de competição desde as mudanças revolucionárias de 1969.
Em 2002, a Honda colocou em campo a RC211V de 990cc e quatro tempos, a designação RC (RaCe, corrida) revivendo memórias dos anos dourados da Honda nos Grandes Prémios dos anos 60.
Mantendo a política da Honda de avançar a tecnologia, o motor era uma revolucionária unidade V5, mais interessante pelo uso de uma ignição “big bang” da era de dois tempos da empresa. Apesar de um curto período de desenvolvimento, a RC211V rapidamente mostrou o seu potencial, conseguindo eclipsar as NSR500 nas pistas, em facilidade de condução senão em potência.
A Honda ganhou o campeonato de pilotos e construtores naquele ano, o primeiro a ser realizado sob as novas regras do MotoGP. Também foi sintomático da nova era que a NSR500, que anteriormente tinha sido a máquina de bater, não conseguiu vencer uma única corrida durante toda a temporada.
Ironicamente, a velocidade em linha reta das motos de 990cc aumentou ao ponto de levantar questões de segurança. As motos eram capazes de ultrapassar 330 km/h, e muito poucos circuitos tinham zonas de gravilha ou outros recursos de segurança a corresponder a esse nível de desempenho.
A hora chegou, mais uma vez, para uma revisão dos regulamentos, levando o órgão a especificar a adoção de motores de quatro tempos com uma capacidade máxima de 800 cc a partir de 2007, juntamente com um limite no uso de pneus.
Entretanto, cada fabricante refinou as suas máquinas para um confronto final no último ano das corridas de 990cc, com a Honda em campo com duas versões da RC211V. Uma era o modelo regular, usado por cinco pilotos, enquanto a outra, uma única, era usada por Nicky Hayden, com motor, quadro e carroçaria modificados.
A temporada de 2006 foi notável pelo aparecimento de vários pilotos mais jovens. Hayden pontuou bem nas primeiras corridas, mas foi apanhado na segunda metade da temporada. Uma queda custou-lhe caro na penúltima corrida em Portugal, mas o seu resultado na última corrida chegou para conquistar o último campeonato de 990cc da MotoGP.
Durante os cinco anos de corridas de 990cc de MotoGP, a RC211V foi a máquina mais forte de todas, ganhando cerca de metade dos eventos realizados.
Para 2007, a Honda fez um motor V4 para a sua mais recente máquina RC212V, pronta a competir na nova série de 800cc da MotoGP. A velocidade da linha reta foi reduzida em 15 km/h, mas os pilotos conseguiam colocar a potência no solo mais cedo e travar mais tarde.
A tecnologia de pneus também melhorou e os sistemas de controlo de tração foram aperfeiçoados. Como resultado, os tempos totais das voltas com as 800cc não foram tão diferentes dos feitos pelas melhores motos de 990cc.
A época de 2009 trouxe consigo um único fornecedor de pneus para a MotoGP, tornando os papéis da máquina e do piloto muito mais importantes. Isso motivou mais desenvolvimento pré-época do que nunca, com computadores, analistas de dados e simulações de alto nível a contribuir para fazer motos de alta precisão capazes de lutar por vitórias e dando origem a tecnologias que acabaram nas motos de estrada da Honda.
Em 2011, a equipa da Honda Repsol reuniu três motos com uma conceituada formação de Dani Pedrosa, Andrea Dovizioso e do Campeão do Mundo de 2007, Casey Stoner.
A RC212V mostrou-se forte demais para a competição esse ano e o australiano Casey Stoner levou o campeonato a duas corridas do final, com a Honda também a conquistar o título por equipas e o 60º título de Construtores.
Começando 2012 como Triplo Campeão Mundial, a Honda Repsol acabou por ter uma temporada mais difícil. O Campeão do Mundo, Casey Stoner, teve um bom começo de ano, vencendo três das primeiras sete corridas, mas sofreu uma fase difícil no meio da temporada, resultando num acidente horrível em Indianápolis, que o afastou por três corridas e terminou as suas esperanças ao título.
O companheiro de equipa Dani Pedrosa teve um começo mais lento na série, mas a partir da oitava jornada, em Sachsenring, ganhou sete vezes, seis das quais nas últimas oito corridas, e perdeu por pouco o Campeonato do Mundo para Jorge Lorenzo por apenas 18 pontos.
Com 12 vitórias em 2012, a Honda venceu o campeonato de Construtores e a Honda Repsol conquistou o campeonato por equipas.
